Étude De L'implantation De Bactéries Racinaires Chez La Vigne, Interactions Vigne-Microorganismes Phytoprotecteurs

Réf ABG-113637 Sujet de Thèse
21/04/2023 Contrat doctoral
Université de Haute Alsace
Lieu de travail
Colmar - Grand Est - France
Intitulé du sujet
Étude de l'implantation de bactéries racinaires chez la vigne, interactions vigne-microorganismes phytoprotecteurs
Champs scientifiques
Biologie
Agronomie, agroalimentaire
Biotechnologie
Mots clés
Vigne, bactéries, champignons, phytoprotection
Description du sujet

La vigne, comme les autres plantes cultivées, est sujette à de nombreuses maladies, dont la gravité est accrue par la faible diversité génétique des variétés sélectionnées. La sélection des cépages a été surtout réalisée pour améliorer les rendements ou les caractéristiques organoleptiques, et moins pour accroitre les capacités à résister aux agents pathogènes. Les solutions actuellement utilisées pour contrôler les maladies reposent principalement sur l’utilisation de pesticides, surtout les fongicides à base de soufre ou cuivre. Plus récemment, une autre approche basée sur le potentiel du microbiome végétal pour contrer un agent pathogène et pour renforcer les défenses de la plante, tend à se développer. Le LVBE utilise la vigne comme modèle végétal. Notre projet est basé sur une observation faite sur plusieurs années, d’un cep alsacien de gewurztraminer présentant une très forte population bactérienne dans sa sève au printemps. Les concentrations dépassant 1 million de bactéries par mL de sève dans les pleurs de cette vigne par ailleurs très saine ne correspondent à rien de ce qui est décrit dans la littérature à ce jour. Dans le cadre d’un projet financé par la SATT Conectus entre 2019 et 2022, nous avons caractérisé les espèces bactériennes présentes (génome compris) et mis en évidence le potentiel de certaines bactéries en tant qu’antifongiques naturels et PGPB (Plant growth-promoting bacteria). Le projet de thèse est double : i) mettre au point un protocole de bactérisation chez la vigne et décrire les mécanismes de signalisation à l’œuvre. Il est possible que cette interaction repose sur un dialogue moléculaire similaire à celui déjà décrit dans le cas de la mycorhization chez de nombreuses espèces végétales et de la nodulation chez les légumineuses. Cette compréhension devrait nous permettre de transférer cette capacité à tolérer des concentrations bactériennes élevées à d’autres plants de vigne. ii) déterminer le mode d'action moléculaire anti-fongique des bactéries afin de proposer des méthodes naturelles de protection des vignes. Le projet abordera les points suivants : 1/ détermination des conditions culturales favorisant l’implantation des bactéries. 2/ analyse des profils d’expression génique de la plante. 3/ fractionnement et identification des molécules hydrosolubles et volatiles bactériennes à effet antimicrobien. 4/ évaluation du potentiel de ces molécules antimicrobiennes (isolées ou en combinaison) contre un panel de phytopathogènes. 5/ analyse des génomes bactériens en relation avec des molécules hydrosolubles et volatiles d’intérêt ainsi que d’autres molécules susceptibles d’être impliquées dans la relation plante-bactérie ou dans la relation bactérie bactérie. 6/ évaluation des effets des molécules sur la plante

Nature du financement
Contrat doctoral
Précisions sur le financement
bourse de thèse Université de Haute Alsace
Présentation établissement et labo d'accueil
Université de Haute Alsace

Le LVBE est un laboratoire de l'Université de Haute-Alsace spécialisé dans les maladies de la vigne. Il est basé sur le site du biopôle de Colmar.

Site web :
https://www.lvbe.uha.fr/
Intitulé du doctorat
Doctorat de Biologie
Pays d'obtention du doctorat
France
Etablissement délivrant le doctorat
UNIVERSITE DE HAUTE-ALSACE A MULHOUSE
Ecole doctorale
Université de Haute Alsace
Profil du candidat

Le candidat devra avoir une formation en microbiologie et/ou en biologie végétale. Un intérêt pour des questions de physiologie, de biochimie et de bilogie moléculaire est souhaitable. Le candidat devra aussi avoir un intérêts pour des sujets abordant des aspects fondamentaux et appliqués.