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Forme de travail
Un salaireSanté publique France est impliquée dans une action concertée européenne dédiée à la surveillance des eaux usées (EU Wastewater Integrated Surveillance for Public Health). La personne recrutée, placée sous l'autorité du responsable d'unité, aura pour mission de réaliser des travaux incombant à l'agence dans le cadre de ce projet européen. Il/elle travaillera en relation étroite avec les partenaires européens du projet et, en interne, avec les autres épidémiologistes de l'agence impliquée dans ce projet. Il/elle participera essentiellement au WP6 et notamment à la tâche 6.2 qui doit permettre, d'une manière structurée, de mettre en place un inventaire des méthodes statistiques appropriées; couvrant toutes les procédures et mesures/indicateurs statistiques des contrôles de qualité des données, de la préparation des données, de la normalisation/standardisation ; du lissage, de la prédiction, des aspects d'alerte précoce ; de l'agrégation des résultats ; du traitement des valeurs manquantes. Cette tâche fournira également des composants d'analyse fonctionnels et utilisables par les Etats-Membres, et se concentrera sur les aspects de la gestion des données (en collaboration avec le WP1). Dans ce cadre, il/elle aura pour mission principale de traiter les données issues du système de surveillance SUM'EAU. Le traitement des données est à comprendre au sens large du terme, incluant la gestion de bases de données, l'écriture de scripts, leur optimisation, la construction d'indicateurs épidémiologiques (en utilisant des méthodes adaptées statistiques ou de data science) et la restitution de ces indicateurs (bulletins, tableaux de bord). Un accent pourra être porté, en tant que de besoin, sur le développement et le maintien d'outils et de processus pour être en capacité de produire quotidiennement des indicateurs en réponse à une situation d'alerte et/ou de crise. Il/elle contribuera également au développement et à l'implémentation de méthodes et outils innovants dans le champ du traitement des données de santé.Les activités du Chargé d'analyse et d'expertise seront notamment : -Assurer la gestion, le traitement et la restitution des données : - Accompagner le système de gestion des données et des pipelines- Organiser et préparer les données - Explorer et proposer les moyens technologiques pour améliorer la qualité et la fiabilité des données- Identifier les possibilités d'acquisition et d'intégration de nouvelles données- Construire les indicateurs de surveillance (définition, implémentation, interprétation) en R, Python ou Jupyter Notebook- Réaliser des analyses statistiques- Développer des outils pour la restitution des indicateurs : mise à disposition interne et externe (exports, API), outils de visualisation (applications R-Shiny - Dash - Bokeh) et de reporting (RMarkdown)- Rédiger des notes méthodologiques pour décrire les traitements réalisés-Participer aux réunions de travail dans le cadre de la Joint Action WISH-Contribuer à l'écriture des différents livrables de la Joint Action et notamment de la tâche 6.2-Contribuer à la réflexion sur la modernisation des outils de Data Engineering / data science pour la préparation, l'exploration, le stockage, l'analyse et la restitution des données-Contribuer à la valorisation des résultats en lien avec les épidémiologistes et les statisticiens :- Communiquer des résultats - Rédiger des bulletins, rapports d'études et d'articles scientifiques.Il/elle sera amenée à représenter l'agence auprès des partenaires institutionnels et scientifiques impliqué dans cette action concertée. Des déplacements en France et en Europe sont à prévoir.Profil recherché : - Bac+5 dans le domaine du traitement des données, de l'informatique ou des statistiques/data sciences exigé. Bac +8 souhaité.- Maîtrise de la programmation sous R et/ou Python dans des environnements virtuels (conda)
