Ingénieur Biologiste En Analyses De Données H/F (H/F)

Le travail sera mené dans le cadre du projet IRP CNRS CLIMCLAM (2022-2027) portant sur l'effet du changement climatique sur l'adaptation des populations de la palourde japonaise, de ses pathogènes et de son microbiote. L'analyse de la dynamique des microbiotes permettra de comparer l'effet du changement climatique sur deux sites contrastés, la rade de Brest et la lagune de Venise. L'agent pourra ainsi aider au traitement bioinformatique et statistique des données de séquençage produites dans le cadre d'une thèse en cours. Afin de pouvoir analyser les modifications de la composition des microbiotes dans des conditions environnementales variées, l'agent devra tout d'abord traiter l'ensemble des jeux de données sur les microbiotes déjà acquis (obtenus à partir des mêmes protocoles dans le cadre des projets H2020 « VIVALDI » et EC2CO « Micropal»), ce qui autoriserait une standardisation du traitement des données de métabarcoding des microbiotes de palourdes. Des analyses en réseaux de co-occurrences, la recherche de core-microbiotes et une synthèse des différentes expérimentations en milieu naturel et au laboratoire pourraient permettre d'identifier des profils de microbiotes bioindicateurs de santé des bivalves.Des analyses en paléo-génomique dans des archives coquillères seront également réalisées, pouvant potentiellement permettre de retracer l'origine des souches de Vibrio tapetis pathogènes de palourdes.