Post-Doctorant / Chercheur En Épidémiologie Génétique F/H

La mission principale relève à identifier les déterminants génétiques de la résistance du cerveau aux lésions cérébrales vasculaires.
Domaine d'activité 1 : Traitement des données / Data processing
Tâche 1 : Contrôle de qualité des données génotypiques standard à l'aide de plink1.9/2.
Tâche 2 : Contrôle de qualité post GWAS à l'aide d'EasyQC ou de scripts R/python pour la méta-analyse des GWAS à l'aide du logiciel Metal/MRMEGA/MTAG.
Tâche 3 : Traitement des données WGS à l'aide du pipeline GATK et contrôle de qualité standard des fichiers vcf à l'aide de plink/vcftools et de commandes unix/R/Python.
Tâche 4 : Annotation des données WGS à l'aide du logiciel annovar/VEP.
Domaine d'activité 2 : Développement modèles de prédiction / Development prediction models
Tâche 1 : Développement de modèles de prédiction du risque polygénique en utilisant des approches de régression (P+T, PRScs LDPRED2, etc.).
Tâche 2: Développer des modèles intégrés de prédiction des risques en utilisant des approches basées sur l'apprentissage automatique telles que la forêt aléatoire et la régression par réseaux élastiques.
Domaine d'activité 3 : Analyses statistiques
Tâche 1 : Étude d'association génétique à l'aide du logiciel REGENIE.
Tâche 2 : Analyses post-GWAS/WGS comprenant la radomisation mendélienne, les analyses basées sur les gènes/voies, l'enrichissement des cibles de médicaments (GREP, Trans-Phar, etc.), PheWAS, TWAS et la colocalisation.
Description du projet/opération :
Les lésions cérébrales vasculaires telles que l'ischémie ou l'hémorragie peuvent déclencher une neurodégénérescence progressive. Cependant, peu d'attention a été accordée à la compréhension du mécanisme de résilience du cerveau à ces lésions vasculaires. Sur la base de deux prémisses établies : (1) le score de risque polygénique quantifie la responsabilité génétique de l'accident vasculaire cérébral en raison d'allèles de risque communs ; et (2) les variantes génétiques rares atténuent les effets des facteurs génétiques causaux des maladies neurodégénératives, le projet BRICS a été proposé pour améliorer nos connaissances sur les fondements génétiques de la résilience du cerveau aux insultes cérébrovasculaires.
Description précise des résultats attendus :
- Étude d'association pangénomique sur les marqueurs IRM de la maladie des petits vaisseaux cérébraux, de l'accident vasculaire cérébral et de la démence
- Développement d'un modèle de pointe de score de risque polygénique (PRS) d'ischémie et d'hémorragie dans le cerveau.
- Nouvel ensemble de données cas-témoins sur la résilience cérébrale défini en exploitant les informations sur la responsabilité génétique des lésions cérébrales vasculaires et les informations d'imagerie cérébrale dans les cohortes basées sur la population disponibles (3C, MEMENTO, UK biobank, etc.).
- Étude d'association WGS pour cartographier les gènes associés à la résilience du cerveau à l'ischémie et/ou à l'hémorragie cérébrale.
- Identification de gènes candidats pour des études fonctionnelles et in vivo approfondies.
- Rédaction de manuscrits pour publication dans des revues à fort impact.
Modalités d'évaluation et de contrôle du résultat :
- Réunions individuelles régulières avec les mentors.
- Mises à jour du projet lors de la réunion hebdomadaire BrainVasc (avec chercheurs travaillant sur les études d'association pangénomique sur les maladies vasculaires du cerveau), des réunions bihebdomadaires du laboratoire ELEANOR, des réunions virtuelles du groupe de travail CHARGE et de l'ISGC.
- Présentation des résultats lors de conférences internationales (au moins une fois par an).
- Publication de manuscrits dans des revues à comité de lecture.

Titulaire d'un diplôme de doctorat dans le domaine de l'épidémiologie génétique / statistique génétique/ bioinformatics, cette fonction requiert :
• Expérience et connaissances théoriques en génomique des maladies complexes, idéalement avec une expérience préalable de travail avec des données de séquençage de nouvelle génération.
• Excellentes compétences en programmation en R et, si possible, dans d'autres langages de programmation, y compris Python.
• Expérience de la rédaction de manuscrits de haute qualité, démontrée par des publications en tant que premier auteur dans des revues à fort impact.
• Maîtrise de l'anglais parlé et écrit.
Plus d'informations  :
Basé à Bordeaux - accès tram A (arrêt de tram Hôpital Pellegrin) bus, vélo.
Adresse : Centre BPH U1219, Université de Bordeaux, 146 rue Léo Saignat 33076 Bordeaux Cedex
CDD de projet de 36 mois à pourvoir du 01/02/2024 au 30/01/2027
Salaire mensuel brut : 2 750€ bruts mensuels
Avantages liés au poste  :
• Forfait jours de congés annuels dès la première année (50 jours par an)
• Télétravail possible selon nécessités et organisation du service
• Prise en charge à 75% de l'abonnement aux transports en commun de Gironde
• Participation à la mutuelle à hauteur de 15€ / mois
• Des offres loisirs, sport et culture pour tous les personnels 
• Forfait "mobilités durables" sur trajet domicile – travail
• Parcours d'accueil et formations
Processus de recrutement  : après la période de publication de l'annonce, nous prendrons contact avec les candidats retenus pour un entretien organisé avec le(s) manager(s) et le chargé de recrutement.
Conseil : votre lettre de motivation est lue et nous apporte des éléments complémentaires à votre CV !