Post-Doctorant en analyse de données d’imagerie tomographiques F/H

L'enjeu du projet est de développer des méthodes de reconstruction d'images permettant de remédier au manque d'information dans le missing wedge. L'étude sera concrètement effectuée sur le modèle biologique Caenorhabditis elegans ( C. elegans ), micro-organisme multicellulaire d'environ 1 mm de long, utilisé comme modèle de référence pour l'étude des grandes fonctions biologiques et pour lequel de nombreuses données sont déjà disponibles.
 
# Construction de fantômes numériques
·       Vous analysez des données de tomographie 3D sur C. elegans et des informations structurelles issues de la microscopie optique et électronique
·       Vous réalisez des fantômes numériques de C. elegans
·       Vous rédigez un article et diffusez vos résultats
 
# Développement de codes de reconstruction d'images tomographiques
·       Vous effectuez une bibliographie : méthodes numériques adaptées à la reconstruction dans le cas de données manquantes ( missing wedge ), incluant des méthodes d'IA
·       Vous utilisez les fantômes numériques C. elegans pour identifier les contraintes pertinentes et alimenter les réseaux de neurones
 
# Validation des codes de reconstruction développés
·       Vous validez les données expérimentales de tomographie 3D
·       Vous rédigez un article et diffusez les codes finalisés
 

Titulaire d'un diplôme de Doctorat en physique, informatique ou disciplines connexes, vous avez un parcours orienté en traitement de données en imagerie (physique, biologie, mécanique, médicale).
·       Vous êtes doté∙e d'un grande curiosité scientifique et fortement intéressé par les projets transdisciplinaires
·       Vous faite preuve d'autonomie, d'esprit d'équipe et de sens critique
·       Vous maîtrisez la rédaction y compris en anglais (niveau C1 / B2)
·       Vous connaissez idéalement des techniques de traitement d'images, IA, tomographie, problèmes d'inversion, reconstruction d'images et souhaitez progresser dans ces thèmes
 
Le + de ce poste : une contribution originale au challenge posé par la reconstruction d'images avec données incomplètes en imagerie 3D. Cette problématique, ici posée dans le cadre de la MT protonique, s'étend bien au-delà : elle concerne directement la MT par rayonnement synchrotron, la MT électronique, et contribuerait également à des avancées en imagerie médicale (notamment PET – Positron Emission Tomography ), contrôle non destructif, imagerie radar, astrophysique...
Parmi les méthodes explorées, vous bénéficierez des récentes avancées en intelligence artificielle (IA). Notre approche vise à guider la convergence des réseaux de neurones de manière efficiente, dans l'objectif d'une IA frugale vis-à-vis des ressources énergétiques et environnementales.
En plus des échanges avec les membres des laboratoires participants, vous pourrez compléter vos connaissances en participant à des formations délivrées notamment par l'Université de Bordeaux, notamment : problèmes d'inversion en imagerie tomographique, IA …
 
Plus d'informations  :
 
En rejoignant le LPI2-B, vous évoluerez dans l'équipe pluridisciplinaire iRiBio « Interactions Rayonnements Ionisants et Biologie », qui associe des compétences en physique, informatique, chimie et biologie pour répondre à des problématiques liées à la caractérisation du vivant, sur des modèles biologiques microscopiques.
 
Basé à Gradignan - accès bus, vélo.
 
CDD de 12 mois
A noter   : le poste est basé dans un laboratoire en Zone Restrictive, ce qui nécessite une enquête préalable à l'embauche dont le délai peut prendre jusqu'à 8 semaines.
 
Salaire mensuel brut : 2700 €
 
Avantages liés au poste  :
50 jours de congés annuels dès la première année
Prise en charge à 75% de l'abonnement aux transports en commun de Gironde
Participation à la mutuelle à hauteur de 15€ / mois
Des offres loisirs, sport et culture pour tous les personnels 
Forfait "mobilités durables" sur trajet domicile – travail
Parcours d'accueil et formations
 
Processus de recrutement  : après la période de publication de l'annonce, nous prendrons contact avec les candidats retenus pour un entretien organisé avec le(s) manager(s) et le chargé de recrutement.
 
Conseil : votre lettre de motivation est lue et nous apporte des éléments complémentaires à votre CV !