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Un salaireMissions du service et positionnement de l'agent :
Mettre en œuvre des techniques spécialisée de génomique, biologie moléculaire et génétique pour étudier des mécanismes épigénétiques qui régissent à la fois des processus impliqués dans des programmes de développement et des mécanismes de défense de l'intégrité des génomes.
Cette mission se déclinera comme suit :
- Pour la préparation et la caractérisation d'échantillons, le/la assistante ingénieur.e biologiste mettra en œuvre une combinaison d'approches et d'outils, reposant essentiellement sur i) des techniques spécialisées de biologie moléculaire, dans le cadre de protocoles établis qu'il s'agira d'optimiser et de faire évoluer et ii) des techniques de génétique fongique
- Le/la assistante ingénieur.e biologiste sera en charge de l'automatisation des procédures expérimentales, de la gestion des données à haut débit qu'il/elle produira et des interactions avec la plateforme de séquençage
- Le/la assistante ingénieure biologiste participera à l'élaboration et à la production d'échantillons biologiques dans le cadre de Travaux Pratiques Innovants développés par deux EC de l'équipe EDC
- Le/la assistante ingénieure biologiste assurera la continuité logistique des travaux et participera à l'encadrement des étudiants de l'équipe EDC. Il/elle assurera des fonctions collectives (RPS, protocoles Hygiène et sécurité) au sein de I'I2BC
Activités de l'agent :
Les activités de l'agent au sein de l'équipe « Epigénétique et Développement des Champignons » (EDC) et plus largement au sein du département Biologie des Génomes seront les suivantes:
- Conduire des expériences en génétique fongique sur plusieurs espèces de champignons filamenteux (deux espèces principales Podospora anserina et Ascobolus immersus) : cultures en conditions variées, création/sélection de variants génétiques (souches mutantes), réaliser et suivre les croisements, récoltes de sporées et semis des ascospores, tests phénotypiques variés, constitution des stocks pour alimenter la collection de l'équipe EDC
- Assurer la gestion et l'entretien de la collection : plus de 300 souches génétiquement modifiées, une collection unique d'écotypes pour les deux espèces. Cette collection est utilisée également pour l'enseignement : TP mycologie L1 et L3, atelier ChIP-seq M2 (TP 'innovant' Paris Saclay GS- LSH/I2BC/Illumina, formation initiale et continue)
- Conduire, dans le cadre d'un programme expérimental établi en collaboration avec un enseignant chercheur de l'équipe EDC un ensemble de techniques de biologie moléculaire (Immunoprécipitation de la chromatine, co-immunoprécipitation, capture de conformation des chromosome, transcriptomique, banques génomiques pour séquençage haut-débit, éditions de génomes, etc.), de biochimie (western-blot) et de biologie cellulaire (microscopie à florescence)
- L'expertise en génomique de l'assistant.e ingénieur.e biologiste pourra être utile à plusieurs équipes du département de biologie des génomes qui mènent des expériences similaires mais sur des organismes différents (Programmed genome rearrangements, Epigenetic régulation of transposable éléments in Arabidopsis, Meiotic Recombination and Pairing, Chromatin dynamics, Mammalian epigenomics)
- Suivre les évolutions techniques et le développement du domaine (implémentations d'approches génomiques en cellules uniques et de système d'expression conditionnelle de protéines). La mutualisation proposée ci-dessus sera particulièrement utile pour implémenter les nouvelles techniques qui apparaissent à haute fréquence dans ce champ disciplinaire. Cette mission de développement nécessitera par ailleurs de collaborer avec la plateforme de séquençage afin de produire des échantillons valorisables
- Rédiger et actualiser les fiches de préparations et de protocoles techniques
- Consigner ses résultats dans un cahier de laboratoire. Les mettre en forme et établir des comptes rendus d'activité. Présenter les résultats pendant les réunions d'équipe
- Assurer un suivi des appareils requis pour chacune des démarches expérimentales (balances de précision, loupes binoculaires, appareils PCR, appareils d'électrophorèse, etc.)
- Gérer les stocks et les commandes de produits et matériels courants et consommables
- Assurer la liaison entre le service de préparation des milieux et les commandes de l'équipe (plus d'une vingtaine de milieux et tampons différents)
- Accompagner les étudiants (doctorant.e.s et stagiaires) du laboratoire dans leur apprentissage des gestes de bases de microbiologie fongique et biologie moléculaire (UE AOM Ml BS, UE stage Ml BS)
- Veiller à la mise en application des règles d'hygiène et de sécurité au laboratoire, en particulier lorsque les enseignants chercheurs permanents sont en cours
- Procéder à l'évacuation des déchets en respectant les règles d'hygiène et sécurité
- Produire des échantillons qui seront utilisés dans le cadre des ateliers ChIP-seq et Big Data (TPs 'innovants' Paris Saclay GS-LSH/l2BC/lllumina, formation initiale M2 et continue)
Contexte :
L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay créée depuis le 1er janvier 2015. Localisée sur les sites de Gif, d'Orsay et de Saclay, l'unité a un effectif moyen d'environ 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, 61 équipes de recherches, 15 plateformes technologiques de haut niveau.
L'agent intégrera l'équipe « Epigénétique et Développement des Champignons » (EDC) qui fait partie du département Biologie des Génomes. Elle est composée au 01/09/2023 de trois enseignants- chercheurs (2 Professeurs, 1 Maître de Conférences), trois doctorants et d'une apprentie de Licence Professionnelle.
